Навуковыя даследаванні ў універсітэце праводзяцца ў галіне прыродазнаўчых і медыцынскіх навук. Відамі навуковай дзейнасці прафесарска-выкладчыцкага складу і навуковых супрацоўнікаў з'яўляюцца правядзенне фундаментальных і прыкладных навуковых даследаванняў, клінічная апрабацыя вынікаў навуковых даследаванняў і падрыхтоўка навуковых кадраў вышэйшай кваліфікацыі. Асноўныя напрамкі навуковай дзейнасці адпавядаюць профілю падрыхтоўкі лекараў на лячэбным, педыятрычным, стаматалагічным, медыка-прафілактычным, фармацэўтычным і ваенна-медыцынскім факультэтах. Яны ахопліваюць шырокае кола навуковых праблем клінікі ўнутраных і хірургічных хваробаў, педыятрыі, стаматалогіі, прафілактычнай медыцыны, аховы навакольнага асяроддзя і ваенна-медыцынскай справы.
Навукова-педагагічнай школай БДМУ лічыцца складзены калектыў навукова-педагагічных работнікаў, які заваяваў вядомасць значным узроўнем навуковых даследаванняў у прызнаным навуковым напрамку, а таксама высокім узроўнем практычнай падрыхтоўкі навукова-педагагічных кадраў вышэйшай кваліфікацыі, які характарызуецца ўстойлівасцю традыцый і пераемнасцю пакаленняў у ходзе свайго развіцця і падрыхтоўкі навуковых кадраў.
Работа па стварэнню ўмоў для інтэлектуальнага, творчага, духоўнага, культурнага развіцця маладых людзей, а таксама іх падтрымка ў цяперашні час - неад'емная ўмова будучага дабрабыту нашай краіны.
Навуковая дзейнасць з'яўляецца неад'емнай часткай жыцця студэнтаў Беларускага дзяржаўнага медыцынскага універсітэта, што пацвярджаецца іх актыўным удзелам у працы вялікага ліку студэнцкіх навуковых гурткоў роднай Alma Mater, выніковымі выступамі на рознага роду канферэнцыях, як айчыннага, так і міжнароднага ўзроўню, а таксама публікацыямі ў медыцынскіх часопісах і зборніках.
Навукова-практычная дзейнасць супрацоўнікаў універсітэта праводзіцца ў адпаведнасці з прыярытэтнымі напрамкамі навукова-тэхнічнай дзейнасці ў Рэспубліцы Беларусь на 2016-2020 гады, якія зацверджаны Указам Прэзідэнта Рэспублікі Беларусь № 166 ад 22 красавiка 2015 года, з улікам эканамічнай стратэгіі дзяржавы і арыентавана на стварэнне высокатэхналагічнай навуковай прадукцыі, здольнай пры мінімізацыі матэрыяльных, эканамічных і сацыяльных выдаткаў ажыццяўляць якасныя змены ў навуковай, практычнай і адукацыйнай галінах медыцыны.
Навукова-даследчая частка Беларускага дзяржаўнага медыцынскага універсітэта выконвае функцыю агульнауніверсітэцкага навукова-метадычнага і эксперыментальна-клінічнага цэнтра правядзення НДЧ, забяспечвае падрыхтоўку кадраў вышэйшай кваліфікацыі ў універсітэце. У склад НДЧ ўваходзіць 5 профільных лабараторый, 19 навуковых груп (у тым ліку 3 пастаянна дзеючыя), аддзел патэнтна-інфармацыйнай, вынаходніцкай і рацыяналізатарскай працы, група «Суправаджэнне» НДЧ, аддзел планавання і арганізацыі НДР, АУП.
Пры Беларускім дзяржаўным медыцынскім універсітэце створана і функцыянуе 8 саветаў па абароне доктарскіх і кандыдацкіх дысертацый па 22 спецыяльнасцях.
Падрыхтоўка навуковых работнікаў вышэйшай кваліфікацыі
Паспяховая рэалізацыя стратэгіі інавацыйнага развіцця краіны залежыць ад эфектыўнасці ажыццяўлення фундаментальных і прыкладных навуковых даследаванняў, стварэння і ўкаранення інавацыйных распрацовак ва ўсе сферы жыццядзейнасці грамадства.
Савет маладых навукоўцаў займаецца развіццём навуковага патэнцыялу творчай моладзі, садзейнічае іх прафесійнаму росту, актыўнага ўдзелу ў навуковых даследаваннях і ў грамадскім жыцці ўніверсітэта. Савет маладых вучоных з'яўляецца грамадскім органам, які каардынуе дзейнасць выкладчыкаў, аспірантаў і іншых спецыялістаў - даследчыкаў ва ўзросце да 40 гадоў.
Камітэт па біямедыцынскай этыцы ўстановы адукацыі 'Беларускі дзяржаўны медыцынскі універсітэт» з'яўляецца незалежным органам, які ажыццяўляе этычную экспертызу біямедыцынскіх даследаванняў, якія плануюцца і праводзяцца работнікамі універсітэта. Камітэт праводзіць этычную экспертызу выкарыстання ў навуковай і вучэбнай рабоце ў якасці суб'екта даследаваня чалавека, жывёл, а таксама біялагічных матэрыялаў.