Навучанне ва універсітэце носіць практыка-арыентаваны характар. У сярэднім 70% аўдыторных заняткаў з'яўляюцца практычнымі і лабараторнымі. З 2-га курса навучальны працэс на клінічных кафедрах ажыццяўляецца на базе арганізацый сістэмы Міністэрства аховы здароўя Рэспублікі Беларусь, што стварае студэнтам ўсе неабходныя ўмовы для выканання і засваення адукацыйнай праграмы. Пачынаючы з 3-га курса (з 2-га па спецыяльнасці «Стаматалогія»), студэнты праходзяць вытворчую практыку. Непасрэднае кіраўніцтва вытворчай практыкай студэнтаў ажыццяўляюць высокакваліфікаваныя спецыялісты устаноў і арганізацый сістэмы Міністэрства аховы здароўя.
На 6-м курсе студэнты лячэбнага і педыятрычнага факультэтаў праходзяць навучанне ў субардынатуры, якая з'яўляецца этапам паглыбленай падрыхтоўкі спецыяліста па вызначаным профілю: «тэрапія», «хірургія», «акушэрства і гінекалогія», «анестэзіялогія і рэаніматалогія», «педыятрыя», «дзіцячая хірургія »і г.д.
З 2006 года ў БДМУ арганізавана выкладанне курсаў па выбары і факультатыўных дысцыплінаў (у 2012 - 2013 навучальным годзе студэнтам прапанавана на выбар 98 курсаў). Укараненне такой формы вучэбных заняткаў дазваляе індывідуалізаваць працэс навучання, максімальна ўлічыць асабістыя інтарэсы студэнтаў, а таксама патрабаванні наймальніка да прафесійнай падрыхтоўкі выпускнікоў.